События этой части разворачиваются между сюжетом первой и второй. Принц Персии, во время путешествия в Азад, направляется в царство своего брата, но видит, что его на территории ведется ожесточенная осада, и Принц решается помочь. Заранее зная, что силы соперника сильно превосходят армию людей в принципе, протагонист решается использовать свои скрытые возможности, о которых нам только намекают во второй части игры. Например, улучшенная система паркура и комбинации в воздухе; замедление времени и укрытие песком. Брат Малик открывает тайную армию Соломона, которая обращает все вокруг в песок. Поскольку у Принца есть медальон, он единственный на поле боя, кто не оказывается под влиянием древней магии.Во время путешествия по землям, протагонист Prince of Persia: The Forgotten Sands встречает Разию — королеву Джиннов. Она рассказывает, что армия Соломона была создана Ифритом Раташем, чтобы полностью искоренить людей и Джиннов с земли. Только общими усилиями они смогли создать медальон и закрыть армию навсегда, но теперь, огромное войско, которое должно убить Соломона, вырвалось на свободу. Способности героя сильно изменились. Например, помимо паркура и умелого обращения с оружием, игрок будет использовать магию. Протестировать её можно в режиме «выживание».