Семена льна обладают лёгким слабительным, обволакивающим, противовоспалительным, свойствами. После приёма внутрь они набухают в ЖКТ и тем самым стимулируют перистальтику кишечника. Жирные масла также способствуют более быстрому продвижению пищи. Это даёт возможность применять семена как лёгкое слабительное при запорах и достичь пунктуальной работы кишечника.

Наиболее целесообразной формой применения семени льна считается слизь. Слизь оказывает обволакивающее и противовоспалительное действие, поэтому её применяют при воспалительных и язвенных заболеваниях ЖКТ, мочевыделительной системы, слизистой оболочки дыхательных путей. Ещё слизь уменьшает скорость всасывания веществ в ЖКТ и это свойство используется при различных отравлениях для уменьшения всасывания ядовитых веществ.

Применяют слизь и наружно — в виде клизм при воспалениях толстой кишки, геморрое, в виде полосканий горла и полости рта при воспалении горла и дёсен.

Из свежее измельчённых семян делают припарки для ускорения созревания фурункулов. Настой сушеной травы льна обладает мочегонным действием. Его используют как мочегонное средство при заболеваниях почек и мочевого пузыря.