Главной ценностью софоры японской в качестве лечебного сырья являются ее соцветия (бутоны) и плоды. Наиболее ценным биологически активным веществом софоры является рутин, максимальное его количество найдено в бутонах. В плодах, в период их созревания, содержится до 8 флавоноидов, в зависимости от места и времени сбора. Главный из них – софорозид. В цветках обнаружены алкалоиды и гликозиды. Цветки софоры являются сырьем для получения рутина (витамина Р). Семена содержат до 10% жирного масла.

Используют софору наружно и внутрь. Переносится она хорошо и не дает никаких осложнений. Препарат укрепляет стенки сосудов и капилляров.

Благодаря бактерицидным свойствам по отношению к золотистому стафилококку, кишечной палочке и др. настойку применяют при язве желудка и двенадцатиперстной кишки, туберкулезе легких в ранней форме, а в стоматологии, при пародонтозе, смазывая настойкой десны.

Софора снимает любые виды аллергии, значительно повышает иммунитет. Благодаря высокому содержанию йода благотворно влияет на щитовидную железу;

Успешно применяют в гинекологии при воспалении придатков, яичников, а также она облегчает симптомы климакса – приливы.

Основное же применение софоры – наружное в виде орошений или повязок при лечении экзем, трещин кожи, а также острых и хронических гнойных воспалительных процессов на коже (абсцессы, фурункулы, ожоги, чешуйчатый лишай, раны, язвы). Удивительной способностью является возможность лечения отдельных видов уже запущенного облысения. Действительно, универсального или достаточно эффективного средства лечения облысения пока еще не известно. Однако в периодической литературе описаны такие случаи, когда протирание отваром плодов (1 ст. ложка на стакан воды) способствовало отрастанию густой щетки волос и восстановлению затем всей шевелюры. Не менее успешно применение софоры также при некоторых формах себореи головы. 

При лечении настойкой софоры ожогов первой и второй степеней заживление происходит в течение 5-6 дней, при ожогах третьей степени наступает постепенное рубцевание. Причем настойка оказывает болеутоляющее действие.

При туберкулезе кожи (красная волчанка) настойка софоры вызывает побледнение узлов и постепенное заживление кожи. С успехом применяют ее при чешуйчатом лишае (псориазе).

Эти лечебные эффекты связаны с удачным сочетанием целого комплекса флавоноидных веществ, которые улучшает трофику и питание тканей и способствуют их регенерации и эпителизации.