Карпрофен, как и другие НПВС, ингибирует ЦОГ в цикле арахидоновой кислоты. При этом препарат преимущественно влияет на ЦОГ-2, которая индуцируется в ответ на развитие воспаления. В результате блокируется синтез воспалительных простагландинов, вызывающих воспаление, отек и боль. В терапевтических дозах карпрофен значительно слабее действует на ЦОГ-1, и благодаря этому не оказывает влияния на синтез протективных простагландинов. Таким образом, карпрофен не препятствует нормальным физиологическим процессам в тканях, особенно в желудке, кишечнике, почках и тромбоцитах.