Яблоня среднерослая, развесистая, с круглой широкой кроной относительной густоты. Скелетные ветви растут под острым углом, но со временем оседают под тяжестью плодов. Оттенок коры на штамбе и ветвях – коричневый с зеленоватым отливом. Цвет побегов – серо-зеленый, они толстые и опушенные. Листва небольшая, удлиненной формы со слегка задранными вверх волнистыми краями. Поверхность пластинки матовая, имеет легкую морщинистость. Отличительная особенность сорта Джонатан – цвет листьев (зеленые с сизым налетом за счет наличия густого опушения). Плоды имеют округлую или коническую форму, у них ровная гладкая поверхность, тонкая плодоножка. Основной окрас – зеленовато-желтый, с глянцевым отливом. Кожица тонкая, плотная, эластичная. Мякоть спелого яблока плотная, нежного желтого цвета, сочная. Оценка фрукта на дегустации сорта – 4,5 балла.